Is "Qu'est-ce que c'est qui sent mauvais" incorrect?

Hi Ian,

It is either -

Qu'est-ce qui...?

or 

Qu'est-ce que ...?

so in your example:

Qu'est ce qui sent mauvais? 

Qu'est-ce que j'entends? = What do I hear?

Qu'est-ce qui vous arrive? = What's happening to you?

Qu'est-ce que vous m'apportez? = What are you bringing to me?

Qu'est-ce qui ne va pas? = What's wrong with you? 

Hope this helps!