Qui est-ce-que= Whom?
Eg:
Qui est-ce qui fait la biologie? Who does Biology. Qui est-ce qui ma prof? Who is my teacher? Qui est-ce que vous avez vu? Whom did you see? Qui est-ce qu'elle a vu? Whom did she see? Qu'est-ce qui= What?
In this case, what is the subject and performs the verb Qu'est-ce que=What? In this case what is the object and the recipient of the verb. Eg:
Qu'est-ce qui fait ce bruit? What is making that noise? Qu'est-ce qui m'a fait peur? What scared me? Qu'est-ce que tu as vu? What did you see? Qu'est-ce que vouz avez pris? What did you take?